武漢告捷，上海響應，而閩中舉義之期益見成熟。九月十一日（國曆11月1日），林溫如、李蓉官、林徽蓀、宋子靖等由滬運炸彈回閩與鄭蘭蓀等，支部各同志計畫既定，更大備材料，日夕趕配炸彈，以為戰品。時軍警各兵士以及下級軍官，均已加入軍警同盟，上中級軍官亦陸續入黨。孫靜山方任水師提督兼第十鎮統制，當由彭壽松介紹入會。九月十六日（國曆11月6日），孫、彭二氏會合于馬江，決計反正。林溫如、鄭蘭蓀代表黨人，至臺江與許崇智、林肇民及蕭奇暄等秘密計議，決定佔據于山，放火為號，先燒都統、將軍二署，後燒旗下街，留東門一路，以開湯網，並決定以九月二十二日（國曆11月12日）為起事之期。
時省城官僚及紳富之家，見黨員預頒告示力勸滿員歸降，冀成為不流血革命， 滿員乃力謀備戰， 連日搬運子彈， 遂至紛紛遷徙。支部長鄭蘭蓀即藉此題目， 于十七日（國曆11月7日）赴諮議局提議， 請政府照會各領事，飭令雜居城臺各地之各國商民教士，遷徙倉前山居住，以便派兵保護。樸壽見事機已迫， 決於十九日（國曆11月9日）以旗兵一營撲南臺橋南社總機關所， 為先發制人之計， 滿員文楷等所組織之殺漢隊， 又欲大肆殺戮， 為同歸於盡之謀。而橋南社總機關及下渡某院、泛船浦某宅之分機關，於一切應備之槍彈旗幟印信及各種文告早已慘淡經營，十分周備， 遂與司令部密通消息， 於九月十八（國曆11月8日）夜起事。十八日陸軍武備學堂及英華、格致、漢英、開智各書院學校學生，齊集橋南總機關，由黃光弼、彭壽松、劉伯瀛、鄭蘭蓀等將各學生分別編為炸彈隊、洋槍隊，炸彈隊由彭壽松率之入城，洋槍隊則派赴電報郵政大清銀行及各處局所佔據， 並保護倉前山一帶教堂洋屋。總機關之內則分部辦事，設總務部，黃光弼、李仲謀、鄭蘭蓀主之，以陳申侯、黃魯貽主文書部，林溫如、林徽蓀、李啟藩主交際部，陳秀榕、莊濤松主財政部， 劉翰侯、趙挏友主交通部， 林亞傑、陳韶受主偵探部， 王鴻滋、陳景松主庶務部，吳必震、馮秀山主軍務部，而執法部仍由吳必震、鄭蘭蓀兼任。十八夜四鼓，即十九日（國曆11月9日）子時，開始戰鬥，革軍即在花巷舊警察公所內設司令部，所有陸軍第三十七、三十八、三十九、四十各標，均歸統帶，先行佔據于山，在其北方山腹布置戰線，裝架大砲，以便射擊；彭壽松則率炸彈隊于十八夜三鼓進城，由于山麓攀岩而上，會合革軍。臨敵，滿軍則將法政學堂做為中心點，據附近民屋而交戰，雖無甚激戰，然互有傷亡。黎明，紅十字會整隊入城，在獅子樓武勝廟內開設病院，以便醫護。
城內各處均有陸軍學生保護人民，並無何等震驚。機關部旋出示安民，並將全部人員護以洋槍隊，由黃乃裳、鄭蘭蓀高舉同盟會歡賀戰勝之旗，一同入城，沿途人民大歡呼，既駐武備學堂，方議後方布置，而旗兵與革軍相持益力，子彈漸迫，武備學堂機關部人員，乃暫退出城，會集于建甯館，後以該處不足辦事，仍退回橋南社。時革軍決死迫滿軍，滿軍遂不能支，傷亡百餘名，革軍之執事官藍熾昌、排長江道淼、將弁王麒年、工程隊排長林國政陣亡，各標兵目文連陛、陳星、林寶星、蔡宗純、張輝煌、唐全春、曾海濱、朱泉香、劉宗忠等皆戰死，而勇敢絕倫之炸彈隊王清銓、王又西二人，為滿軍所獲，被樸壽剖心碎腦，拋屍河內，其慘酷無人道至此已極，而王杰功亦于是役受傷。滿軍既敗，漸次退卻于市上，革命軍以布旗大書棄械者免死，懸各城門，旗兵亦有棄械逃生者。總督松壽，聞敗微行出署，至鹽道前高開榜畫店吞金自盡， 司令部為之殯殮後， 由孫都督以禮祭之。樸壽知大局已去，乃致降書于司令部，請為停戰。司令部即復書云，所有滿員繳出軍械，方算真實投降，如能承認此條件，本晚十二鐘應即納降。然尚相持徹夜，由鄭蘭蓀以閩軍都督之名義（是時祇有都督名義而都督何人尚未舉定），電召長門軍隊，長門統領陳恩燾撥兵四百名，乘夜進城助戰，並運大砲四尊進城運用，又派黨員赴船政廠將舊存之槍械子彈盡速運至機關處備用，軍心為之一振。二十日（國曆11月10日）黎明，滿軍偽懸白旗乞降，革軍以其降也，欲升旗以答之，詎滿軍決死隊乘革軍不備， 突發數百人由九曲亭侵越界線， 直迫于山， 劫奪火砲，與革軍短兵接戰，學生隊遙見即拋炸彈，革軍司令官許崇智、軍官林肇民、蕭奇暄等極力防戰，遂擊退滿軍。
樸壽于十九（國曆11月9日）夕戰敗後，匿于滿軍管帶明玉家，為敢死隊劉德官等協同新軍焦子芳、張祖漢、黃震白十餘人，擒送司令部，以故將軍優容之，彼竟於二十日（國曆11月10日）乘滿軍槍械放火之機逸去，復被軍隊擒回，司令部以其逃虜， 且恐滿人仍放火圖劫， 遂循士卒之請， 即行正法。蓋十九、二十兩晝夜，除由革軍在旗下街一帶放火焚燒外，城廟內外火起者數處，均係旗人所為，被民軍捕獲者實多。其由塢尾一帶，從瓦上擒獲數人，皆身藏引火之物，如火燒九頭龍之類，橋南一帶亦擒獲五六人，接解由橋南機關處訊明，或供為殺漢隊，或供為將軍所使，隨皆押赴麥園頂槍斃，樸壽既就戮，滿軍繳械而降者數百人，軍政府極為優待，賑米五十石，每名先給銀一元，並許妥為安插，所有投誠滿官皆待之以禮，其身命財產均無損失。
二十一日（國曆11月11日）上午十時，福建同盟會支會全部人員，由南臺梅塢橋南社總機關，執旗捧印賷往都督府（設舊總督署），佐以學生軍、義勇隊、城臺沿途居民， 夾道縱觀， 鼓掌聲、歡呼聲， 與花爆聲同時並發。各公司商舖均懸旗慶祝。
十一月十三日為陽曆一月元旦，省中得南京參議院電改用陽曆，即于十一月十五日（國曆1月3日）補行慶祝元旦典禮。十一月二十一日（國曆1月9日），政務院成立，撤參事會，公舉彭壽松任總長，林斯琛、鄭祖蔭任副長，而設立法制、敘官、印鑄、統計四局，以參事員分配各部人員。（鄭權）
▲福建都督府成員合影
（摘錄《中華民國開國五十年文獻第二第四冊－各省光復（中）》轉引自中國國民黨中央黨史史料編纂委員會庫藏原稿本）